Η επιτυχής εκπόνηση Διπλωματικής Εργασίας (Δ.Ε.) αποτελεί απαραίτητη, ουσιαστική και τυπική προϋπόθεση για την απόκτηση του Διπλώματος Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων. Είναι υποχρεωτική και εκπονείται από τους φοιτητές στο τελευταίο έτος των σπουδών τους, λαμβάνοντας από αυτή συνολικά 30 ECTS (στο 9ο εξάμηνο ως Διπλωματική Εργασία Ι με 10 ECTS και στο 10ο εξάμηνο ως Διπλωματική Εργασία ΙΙ, με 20 ECTS).  

Προϋπόθεση για την ανάληψη Δ.Ε. από τον/thn φοιτητή/φοιτήτρια θεωρείται η οφειλή λιγότερων από εννέα (9) μαθημάτων 1ου έως και 8ου εξαμήνου. Κάθε φοιτητής επιλέγει μεταξύ των θεμάτων Δ.Ε. που ανακοινώνουν τα μέλη ΔΕΠ του Τμήματος.
Ο ορισμός του θέματος της Δ.Ε. όσο και ο ορισμός Τριμελούς Συμβουλευτικής και Εξεταστικής Επιτροπής εγκρίνονται από τη Συνέλευση του Τμήματος, μετά από αίτηση ανάληψης Δ.Ε. του φοιτητή προς την Γραμματεία του Τμήματος.
Η Δ.Ε. παρουσιάζεται σε τριμελή εξεταστική επιτροπή που την βαθμολογεί με βάση τα κριτήρια που περιγράφονται Κανονισμό Εκπόνησης Διπλωματικής Εργασίας. 
Αναλυτικά οι προϋποθέσεις και οι διαδικασίες για την ανάληψη Δ.Ε., οι προδιαγραφές ποιότητας καθώς και τα κριτήρια αξιολόγησης αυτής αναλύονται στον Κανονισμό Εκπόνησης Διπλωματικής Εργασίας του Τμήματος διαφάνεια της αξιολόγησης τα κριτήρια αξιολόγησης προβλέπονται στον Κανονισμό Εκπόνησης Διπλωματικής Εργασίας.